Патрулируя под ледяным панцирем Арктики, где существуют особые гидроакустисческие условия, снижающие даже при самой благоприятной гидрологии дальность обнаружения подводной цели посредством наиболее современных ГАС всего до нескольких километров, «Акулы» являются практически неуязвимыми для противолодочных атомных подводных лодок США. 

Авиационными средствами, способными осуществлять поиск и поражение подводных целей сквозь полярный лед, Соединенные Штаты также не располагают.

В частности, «Акулы» несли боевую службу подо льдами Белого моря (первой из «941-х» такой поход совершил в 1986 г. ТК-12, на котором в ходе патрулирования при помощи ледокола была осуществлена замена экипажа).

Рост угрозы со стороны прогнозируемых средств ПРО потенциального противника потребовал усиления боевой живучести отечественных ракет в процессе их полета. В соответствии с одним из прогнозируемых сценариев, противник мог попытаться «ослепить» оптические астронавигационные датчики БР при помощи космических ядерных взрывов. В ответ на это в конце 1984 года под руководством В.П. Макеева, Н.А. Семихатова (система управления ракеты), В.П. Арефьева (командные приборы) и B.C. Кузьмина (система астрокоррекции) были начаты работы по созданию стойкого астрокорректора для баллистических ракет подводных лодок, способного восстанавливать свою работоспособность через несколько секунд. 

Разумеется, у противника оставалась возможность осуществлять ядерные космические взрывы с интервалом через каждые несколько секунд (в этом случае точность наведения ракеты должна была значительно снизиться), однако такое решение было трудноосуществимо по техническим соображениям и бессмысленно — по финансовым. 

Усовершенствованный вариант Р-39, по своим основным характеристикам не уступающий американской ракете «Трайдент» D-5, был принят на вооружение в 1989 году. Кроме повышенной боевой живучести, модернизированная ракета обладала увеличенной зоной разведения боевых блоков, а также повышенной точностью стрельбы (использование космической навигационной системы ГЛОНАСС на активном участке полета ракеты и на участке наведения РГЧ позволило достичь точности, не меньшей, чем точность МБР РВСН шахтного базирования). В 1995 г. ТК-20 (командир капитан 1 ранга А. Богачев) выполнила ракетную стрельбу с Северного полюса.

В 1996 г. из-за нехватки средств были выведены из боевого состава ТК-12 и ТК-202, в 1997 г. — ТК-13. В то же время дополнительное финансирование ВМФ в 1999 году позволило значительно ускорить затянувшийся капитальный ремонт головного ракетоносца 941-го проекта — К-208. За десять лет, в течение которых корабль находился в Государственном центре атомного подводного судостроения, проведена замена и модернизация (в соответствии с проектом 941 У) основных комплексов вооружения. 

В ноябре 1999 г. из акватории Баренцева моря с борта одной из ТАПКР 941-го проекта были выполнены стрельбы двумя ракетами РСМ-52. Интервал между пусками составил два часа. Головные части ракет с высокой точностью поразили цели на Камчатском полигоне.

По состоянию на 2013 год из 6 построенных при СССР кораблей 3 корабля проекта 941 «Акула» утилизированы, 2 корабля находятся в ожидании на утилизацию, и один модернизирован по проекту 941УМ.

В связи с хроническим отсутствием финансирования, в 1990-е годы планировался вывод из строя всех единиц, однако, с появлением финансовых возможностей и пересмотром военной доктрины оставшиеся корабли (ТК-17 «Архангельск» и ТК-20 «Северсталь») прошли поддерживающий ремонт в 1999—2002 годах. ТК-208 «Дмитрий Донской» прошёл капитальный ремонт и модернизацию по проекту 941УМ в 1990—2002 годах и с декабря 2003 года используется в рамках программы испытаний новейшей российской БРПЛ «Булава». При испытании «Булавы» было принято решение отказаться от ранее используемой процедуры испытаний.

18-я дивизия подводных лодок, в которую входили все «Акулы», была сокращена. По состоянию на февраль 2008 года в её состав входили, находящиеся в резерве после выработки рабочего ресурса ракет «главного калибра», ТК-17 «Архангельск» (последнее боевое дежурство — с октября 2004 года по январь 2005 года) и ТК-20 «Северсталь» (последнее боевое дежурство — 2002 год), а также переоборудованный под « Булаву» К-208 «Дмитрий Донской». ТК-17 «Архангельск» и ТК-20 «Северсталь» более трёх лет находились в ожидании решения на утилизацию или перевооружение на новые БРПЛ, пока в августе 2007 года главком ВМФ адмирал флота В. В. Масорин не сообщил, что до 2015 года не предусматривается модернизация АПЛ «Акула» под ракетный комплекс «Булава-М». 

Интересные факты:

Впервые размещение ракетных шахт впереди рубки осуществлено на лодках проекта «Акула»

За освоение уникального корабля звание Героя Советского союза было присвоено Командиру первого ракетного крейсера капитану 1 ранга А. В. Ольховникову в 1984 году

Корабли проекта «Акула» занесены в книгу рекордов Гиннеса

Кресло командира в центральном посту находится в неприкосновенности, исключения нет ни для кого, ни для командиров дивизии, флота или флотилии и даже министра обороны. Нарушивший эту традицию в 1993 году П. Грачев во время посещения «Акулы» был награжден неприязнью подводников.